有山有水的特殊地理環境，造就了日月潭豐富的生態野趣。以植物來說，日月潭是屬於本省植物組成最豐富之常綠闊葉林系統。區內之植物群落由下列四種類型所組成；即濕生植物、二次林、人工林和原始森林。緊臨潭邊是濕生植物活躍的場所，以細纍子草、節花路蓼、九節木、厚殼樹、台灣山桂花、山胡椒和山臼為主。林木則以林務局之柳杉造林間雜竹林，原始林則以樟科和殼斗科為主。

日月潭的昆蟲以『獨角仙』最受歡迎。從五月份開始，只要稍加注意，隨處可見獨角仙的芳蹤，尤其在夜晚時，昆蟲的向光性使然，只要有光源的路燈下，大概都可檢到獨角仙，另外五月至九月間，在山區附近可採集到鍬形蟲，四、七、十月並可看到大型的蛇頭娥。建議可在夜晚走一趟涵碧樓附近，涵碧夜色是日月潭著名的夜景之一，沿著兩公里長的步道，欣賞日月潭夜的靜謐，夏夜裡還可看見螢火蟲閃閃點點，「粉」有詩意喔！

賞鳥；其實日月潭無處不可賞鳥，若要指出地點，大竹湖水鳥公園非常值得推薦，不妨在傍晚時間，來此順便欣賞日月潭的夕陽，這裡的鳥類據調查有120種之多，分屬39科。可謂族繁不及備載，最常見大概是鷺鷥，及俗稱暗光鳥的夜鷺了。白鶺鴒及鉛色水鶇、翠鳥〈俗稱魚狗〉都是這裡的常客，在大竹湖可以欣賞到晚霞與孤鷺齊飛的詩意。

民國88年九二一大地震，造成日月潭及鄰近地區災情慘重，同年李登輝總統前來日月潭瞭解災情並裁示，日月潭應結合鄰近觀光據點，儘速提升為國家級風景區，而在整體規劃時也應盡量維護人民權益。民國89年1月20日行政院核定於1月24日正式成立「交通部觀光局日月潭國家風景區管理處」，並且進行規劃與重建工作。

日月潭國家風景區經營管理範圍以日月潭為中心，北臨魚池鄉都市計劃區，東至水社大山之山脊線為界，南側以魚池鄉與水里鄉之鄉界為界，總面積約為9,000公頃。區內含括原日月潭特定區之範圍及頭社社區、車埕、水社大山、集集大山、水里溪等據點。

日月潭國家風景區未來發展目標將以「高山湖泊」與「邵族文化」為兩大發展主軸，並結合水、陸域活動，提供高品質、多樣化的休閒渡假遊憩體驗，其發展的主題是高山湖泊渡假體驗、文化保存及參與永續發展、水力發電解說、多樣化自然生態教育機會、湖泊溪流水域活動、山岳活動及登山健行、產業活動、夜間觀賞表演活動、主題館與主題園、整合資訊服務等，期藉此整合日月潭風景區之遊憩資源，注入多樣性遊憩活動，以帶動日月潭風景區之長遠發展，並充實改善周圍各項遊憩服務功能，掌握重新出發的契機，以期創造日月潭之新風貌。